基因、蛋白质和代谢物不是同一种节点
相同图形不能抹掉生物学层级。每条边都需要说明它代表催化、调控、互作还是资料推断。
亚细胞定位改变解释
同名代谢物出现在叶绿体、线粒体和细胞质时，可能参与不同反应并依赖转运过程。
多物种比较需要保留差异
拟南芥提供参照，大豆的基因复制和葡萄的次生代谢则要求物种自己的证据。
组学整合不是颜色叠加
转录与代谢具有不同时间尺度。相互矛盾的变化可能提示翻译后调控、运输或反馈机制。
开放格式延长资料寿命
XGMML、SBML 与 Cytoscape 能承担不同层次的交换和分析，但都需要版本、属性与证据说明。
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